Penyelenggaraan
Soal UN sudah bocor dan jawabannya sudah disebarkan secara masal pada siswa melalui handphone atau media lain. Indikasi ini ditemukan setidaknya pada 33 sekolah yang berimbas pada penyelenggaraan UN Pengganti. Modusnya dengan mencari soal dari pihak penerbit yang ditugasi untuk mencetak dan memperbanyak soal. Juga ada pula yang memanfaatkan dari jatah soal cadangan.
Fungsi pengawas tidak maksimal sehingga terbuka celah berkoordinasi dengan panitia di tingkat satuan pendidikan. Masuknya handphone di ruangan atau beredarnya kerta kunci jawaban menunjukkan hal ini. Juga ada pengawas yang hanya bertugas dari depan kelas tanpa berputar untuk mengawasi. Adanya koordinasi ini yang menyebabkan Tim Pemantau Independen tidak mampu membuktikan adanya kelemahan fungsi pengawas.

Penilaian
Kelemahan terbesar ditemukan pada proses pemindaian atau scanning atas Lembar Jawaban Komputer (LJK). Kode soal kadang tidak sama dengan kode kunci jawaban, juga ditemukan bahwa kunci jawaban yang digunakan untuk scanning UN Utama ternyata kunci jawaban untuk UN susulan. Selain itu kondisi LJK juga mempengaruhi proses scanning.
Banyak ditemukan LJK dalam kondisi yang terlipat, sobek, maupun lusuh akibat keringat. Juga pengisian yang kurang bagus menyebabkan tidak terbaca saat scanning. Di luar itu, tenaga pelaksana yang bertanggung jawab atas scanning tidak sebanding dengan jumlah LJK yang harus dinilai. .mas-KP/berbagai sumber